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医院目前分东西两区执业
东区位于蛇口湾厦路1号（湾厦路与蛇口新街交接处），可乘公交车22路、31路、37路、79路、80路、109路、122路、390路、J1大巴停靠蛇口医院站直达，或乘公交车70路、K105路、217路、226路、231路、355路等到花果山站，下车后沿蛇口新街向东前行约300米；72路、373路、334路等到蛇口新街站，下车后沿蛇口新街向西前行约200米。
东区有门诊部、住院部、行政办公楼、学员公寓共4栋主体建筑，辅以凉亭园艺、清池假山，整体布局井然有序，院区绿化覆盖率超过45%，2002年正式挂牌“深圳市园林式花园式单位”，2008年5月被深圳市政府授予“绿色医院”。
主要科室分布情况如下：
1、门诊部
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楼层 |
临床科室 |
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六楼 |
药库、防保科、病理科、院感科、电脑室、病案室 |
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五楼 |
超声诊断科、脑电图室、心电图室、眼科、耳鼻喉科、口腔科 |
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四楼 |
妇产科、皮肤科、泌尿外科、疼痛科、康复科 |
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三楼 |
检验科、体检科 |
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二楼 |
普外科、乳腺科、肛肠科、烧伤整形科、骨科、内分泌内科、肾内科、呼吸内科、消化内科、神经内科、儿科、专家诊疗科、中药房 |
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一楼 |
急诊内科、急诊外科、肝病专科、简易门诊、西药房、门诊收费处 |
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负一楼 |
放射科（登记室、X光摄片、CT室） |
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负二楼 |
地下停车场 |
2、住院部
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楼层 |
临床科室 |
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七楼 |
手术室、麻醉科、临床服务科值班室 |
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六楼 |
烧伤整形科、泌尿外科 |
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五楼 |
骨科 |
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四楼 |
内分泌内科、肾内科、呼吸内科、感染科 |
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三楼 |
神经内科、神经外科、妇科 |
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二楼 |
耳鼻喉科、眼科、中医科、康复科 |
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一楼 |
住院收费处、供应室、中心药房 |
3、行政办公楼
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楼层 |
临床科室 |
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六楼 |
多功能厅 |
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五楼 |
院办公室、财务科、院长办公室 |
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四楼 |
护理部、医务科、人事科、信息科、医保科、招标办、科教科、质控科、总务科 |
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三楼 |
社康部、工会、核算办、物价审计科、仓库 |
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二楼 |
职工食堂 |
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一楼 |
电教室、小会议室 |
4、学员公寓
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楼层 |
临床科室 |
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二楼 |
设备科、基建科、固定资产办、党办宣传室 |
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一楼 |
总务科管理员办、中药库 |
西区位于蛇口工业七路26号（南海大道与工业七路交接处），可乘公交车70路、79路、113路、K113路、122路、224路、328路、329路、机场10线停靠联合医院站直达，或乘公交车80路、204路、233路、332路、390路到玫瑰园站，下车后经清华琴行右转直走约150米。
西区现有主体建筑1栋（住院部）、临建房2处，新门诊住院大楼正在施工建设，将于2010年3月交付使用。主要科室分布情况如下：
1、门诊、住院部
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楼层 |
临床科室 |
备注 |
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八楼 |
普外科 |
住
院
部 |
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七楼 |
消化内科 |
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六楼 |
VIP病区、心血管内科 |
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五楼 |
爱婴一区、产科 |
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四楼 |
爱婴二区、手术室 |
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三楼 |
儿科病区、检验科 |
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二楼 |
妇产科、中医科、耳鼻喉科、康复科、皮肤科、眼科、超声诊断科、心电图室 |
门
诊
部 |
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一楼 |
普外科、骨科、泌尿外科、呼吸内科、消化内科、内风湿内科、心血管内科、肾内科、感染科、口腔科、放射科（X光摄片、CT室）、收费处、西药房 |
2、临建门诊楼
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楼层 |
临床科室 |
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二楼 |
儿科、防保科、院感科 |
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一楼 |
急诊内科、急诊外科、收费处 |
3、临建办公楼
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楼层 |
临床科室 |
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二楼 |
院办公室（党办）、医务科、基建科、质控科、医保科 |
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一楼 |
院前组、临床服务科 |
为方便群众就医，医院两区之间开通了穿梭巴士路线。
东区发车时间为：（上午）8时、8时30分、9时、9时30分、10时、10时30分、11时、11时30分，（下午）14时、14时30分、15时、15时30分、16时、16时30分、17时、17时30分；
西区发车时间为：（上午）8时15分、8时45分、9时15分、9时45分、10时15分、10时45分、11时15分、11时45分，（下午）14时15分、14时45分、15时15分、15时45分、16时15分、16时45分、17时15分、17时45分。周末及节假日每40分钟往返一次。 | 
